viernes, 29 de octubre de 2010

Del GENOMA al METAGENOMA. Descifrar el metagenoma intestinal humano


El hombre vive en asociación permanente con los microbios, que están presentes en las superficies y cavidades del cuerpo humano. Las células microbianas que nos acompañan son al menos 10 veces más numerosas que nuestras propias células y el número de genes que codifican es probablemente 100 veces superior al del genoma humano. Estas comunidades microbianas, que son dinámicas y complejas, no sólo influyen profundamente en nuestra fisiología, nutrición, inmunidad y desarrollo, sino que, además, sus perturbaciones son un factor significativo en muchas enfermedades. Sin embargo, a diferencia del genoma humano, el contenido genómico de tales comunidades —el metagenoma humano— es poco conocido.

¿Que es la metagenómica?

La metagenómica es un novedoso y prometedor enfoque que permite analizar los genomas de todos los microorganismos de un nicho ecológico, incluidos los que no pueden cultivarse, que son la gran mayoría.

Para ello, se extrae del nicho la población microbiana y se purifica y secuencia su ADN mediante los métodos de alto rendimiento. Posteriormente, el análisis informático de la secuencia permite identificar las funciones importantes, como los genes de virulencia o los que codifican enzimas de interés industrial. En ciertas circunstancias se puede reconstituir el genoma completo de los microorganismos particularmente abundantes, lo que ofrece una visión más rica de su potencial biológico.

La metagenómica ambiental se encuentra actualmente en un estadio más avanzado que la metagenómica humana. En Estados Unidos se está realizando el análisis del metagenoma bucal humano, y ya han comenzado los primeros análisis del metagenoma intestinal humano en Japón y en Estados Unidos. Sin embargo, como las poblaciones microbianas del tracto intestinal son particularmente abundantes y complejas, la escala de dichos análisis dista mucho de ser suficiente para permitir una caracterización exhaustiva del metagenoma humano.

Durante la reunión internacional de octubre de 2005 en París se organizaron talleres con expertos de los ámbitos discutidos, en los que se trató sobre la viabilidad técnica de la secuenciación del metagenoma intestinal humano y sus posibles repercusiones para la salud y la industria, así como sobre las posibilidades de financiación de tal empresa.

Se alcanzó un gran consenso en torno a los enfoques, la importancia y la viabilidad del análisis del metagenoma intestinal humano, un análisis que se percibe como una etapa clave del Proyecto Metagenoma Humano.

Se propuso entonces un proyecto titulado Iniciativa Metagenoma Intestinal Humano, destinado a caracterizar las comunidades microbianas del intestino. Dicha caracterización permitirá, entre otras cosas, el análisis de las comunidades microbianas en función de la edad, la alimentación, la enfermedad o el medio ambiente.

Fuente: internacional.inra.fr

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